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Pourquoi les industriels utilisent des souches usines et comment les gèrent-ils ?

Mais d’où peuvent bien venir ces microorganismes ? Comment sélectionner les souches usines qui vont être incorporées aux tests internes sur les fertilités des milieux ?

Pour coller aux différents référentiels (BPF, Pharmacopées, normes ISO), les industries pharmaceutiques se doivent de contrôler leur environnement de production. Si ce dernier est non stérile, il est fréquent de retrouver une flore bactérienne et/ou fongique lors des prélèvements environnementaux. Si les seuils d’alerte ou de non-conformité ne sont pas atteints, il est rare de réaliser une identification sur les colonies retrouvées après incubation.

Pour autant la question se pose de plus en plus lorsqu’on travaille dans un environnement contrôlé ou encore plus en salle blanche :

« Comment gérer la présence de microorganismes retrouvés de façon récurrente ? »

Si les seuils sont atteints, une investigation va donc être réalisée. Il y aura différents acteurs lors de cette étape :

– Tout d’abord les techniciens du laboratoire de microbiologie : ils vont investiguer autour de l’analyse qui a abouti à ce résultat critique. Vérification de la conformité des équipements utilisés, de la qualité des milieux de culture, de la formation du personnel, …

– Le service assurance qualité : il va guider et aider à établir le suivi des actions mises en place.

– Le personnel de la zone identifiée non-conforme : ils devront vérifier si tous les nettoyages ont bien été effectués, si les produits utilisés sont valides, vérifier la formation du personnel …

Une des actions est l’identification des germes retrouvés. Si c’est une souche récurrente, alors il sera préférable de l’intégrer aux tests de fertilités pour s’assurer que les différents lots de milieux de culture utilisés au laboratoire, permettent bien de la retrouver lors des prélèvements dans les locaux ou sur les équipements. Même s’il s’avère que cette souche interne se trouve être de la même espèce que celles utilisées lors des tests en routine, il se peut qu’elle ait développé des résistances ou qu’elle est une croissance plus lente.

C’est souvent le début des interrogations au sein des laboratoires de microbiologie. Doit-on continuer à tester les souches ATCC pour les fertilités, sachant qu’elles le sont déjà par les fournisseurs et qu’un certificat de contrôle qualité l’atteste. N’est-il pas plus pertinent en interne de ne tester que les souches personnalisées ?

Un deuxième questionnement peut alors très vite arriver.

« Comment conserver et entretenir ces souches environnementales ? »

Les 2 moyens les plus fréquemment retrouvés sont :

1- La mise en place d’un souchier en interne.

Une fois le microorganisme récupéré, isolé et identifié, il va falloir utiliser une méthode de conservation ou utiliser celle déjà en place si le laboratoire a une souchothèque. Le plus souvent, une conservation en cryotubes à – 80°C sera la solution retenue. Dans le cas contraire, ce mode de conservation ne sera pas facile à mettre en place. En effet, durant les études, tout du moins jusqu’au BTS, il est rare d’apprendre à mettre en place un souchier interne.

souches usine

2- Faire appel à un laboratoire spécialisé afin de mettre en place une souche customisée qui sera conservée chez eux et dont on peut en disposer quand on le souhaite.

Souvent ces laboratoires sont capables de produire la souche bactérienne ou fongique sous différents formats.

 

Mais d’où peuvent bien venir ces microorganismes ?

La plupart du temps ce sont des germes courant de l’environnement (Aspergillus, Micrococcus, Staphylococcus, Escherichia, Bacillus, …). Ils sont apportés par l’homme (flore cutanée), le flux d’air environnant, même s’il est filtré, l’eau du réseau ou l’eau de ville.

 

Comment sélectionner les souches usines qui vont être incorporées aux tests internes sur les fertilités des milieux ?

Une fois les identifications effectuées, il y a plusieurs façons de choisir celles qui vont être conservées. Ici on va en distinguer 2 :

– Les germes peu présents mais pathogènes (Staphylococcus aureus, Burkholderia cepacia, Escherichia coli, …)

– Ou ceux qui sont retrouvés en plus grande quantité et de façon récurrente

bacteries

A quelle fréquence refaire un stock de souches personnalisées ?

Cette fréquence va dépendre de la façon dont sont conservées ces souches.

– Si c’est sous forme de souchier, et qu’une cadence est déjà mise en place au sein du laboratoire pour l’ensemble des souches utilisées, on peut y coller. Au risque que notre souche ne réponde pas de la même façon que les ATCC, NTCC, …

– Si l’industriel Pharmaceutique a fait appel à un laboratoire spécialisé dans la conception et l’entretien de microorganismes, alors le risque est limité car la compétence de ces prestataires est bien établie. Il sera alors déterminé une fréquence en collaboration avec ce laboratoire en fonction des besoins et attentes de l’industriel.

 

A quelle fréquence doit-on revoir l’incorporation ou la substitution par de nouveaux germes retrouvés ?

Il est important d’établir une fréquence de rotation/changement de ces germes. Les flores présentes peuvent changer avec le temps et la mise en place de nouveaux procédés de désinfections et nettoyages. Un suivi des identifications effectuées va permettre de choisir au mieux le moment où il sera nécessaire de switcher sur un panel de nouvelles souches customisées pour les incorporer aux tests de fertilités.

 

Que doit-on faire lorsqu’on décide de passer sur d’autres souches personnalisées ?

Un rapport de suivi devra être réalisé pour justifier du changement et montrer avec un historique, que la flore a changé.

 

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