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Souches usine : et si vos pires ennemies devenaient vos meilleures alliées ? 

Contrôle environnemental | Publié le 03 septembre 2026 |

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Un prélèvement environnemental qui ressort positif, encore et encore, toujours au même endroit. Un réflexe classique : relever, nettoyer, espérer que ça ne revienne pas. Mais si cette bactérie récurrente n’était pas qu’un problème à éliminer… mais une information à exploiter ? 

C’est toute la question des souches usine : comment les repérer, les gérer, et surtout, comment les transformer en un véritable outil de contrôle qualité. 

Un environnement contrôlé n’est pas un environnement stérile.

Pour rester conformes aux référentiels (BPF, Pharmacopées, normes ISO), les industriels pharmaceutiques surveillent en permanence leur environnement de production. Et la réalité est simple : dès qu’un environnement n’est pas stérile, une flore bactérienne ou fongique finit toujours par s’y installer. Tant que les seuils d’alerte ne sont pas dépassés, l’identification des colonies reste rare. 

Mais en salle blanche ou en environnement contrôlé, une question revient de plus en plus souvent : 

Comment gérer un microorganisme qui revient, encore et encore ? 

Seuil dépassé : place à l’enquête !

Dès qu’un seuil est franchi, une investigation se déclenche, et trois acteurs entrent en scène : 

  • Le laboratoire de microbiologie, qui remonte le fil de l’analyse : équipements, milieux de culture, formation du personnel, rien n’est laissé au hasard. 
  • L’assurance qualité, qui pilote et documente les actions correctives. 
  • Le personnel de la zone concernée, qui doit vérifier si tous les nettoyages ont bien été effectués et si les produits utilisés sont valides.

Parmi les actions menées, il y a l’identification du germe. Et c’est souvent là que tout bascule. 

Quand la bactérie « maison » n’est plus tout à fait la même 

Une souche récurrente mérite d’être intégrée aux tests de fertilité des milieux de culture, pour être certain de la retrouver lors des futurs prélèvements. Pourquoi ? Parce qu’une souche qui vit depuis longtemps dans vos locaux n’est plus tout à fait la même que sa cousine de référence achetée chez un fournisseur. Résistances développées, croissance ralentie : votre environnement l’a façonnée. 

D’où la question qui agite de plus en plus de laboratoires : les souches ATCC, déjà contrôlées et certifiées par leurs fournisseurs, suffisent-elles encore ? Ou les souches personnalisées, plus fidèles à la réalité du terrain, doivent-elles prendre le relais ? 

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D’où viennent-elles, ces indésirables ? 

Rien de mystérieux, ce sont des germes environnementaux classiques : Aspergillus, Micrococcus, Staphylococcus, Escherichia, Bacillus : ils arrivent par la flore cutanée du personnel, le flux d’air (même filtré), ou l’eau, qu’elle soit de réseau ou de ville. 

Pour décider lesquelles conserver, deux logiques s’opposent, ou se complètent : 

  • Les germes peu fréquents mais pathogènes (Staphylococcus aureusBurkholderia cepaciaEscherichia coli…).
  • Les germes récurrents et abondants, qui traduisent une réalité durable de votre environnement.

Conserver ses souches : deux voies possibles 

1. Le souchier interne 

Une fois isolé et identifié, le microorganisme doit être conservé, le plus souvent en cryotubes à -80°C. Séduisant sur le papier, beaucoup moins simple en pratique : la mise en place d’un souchier interne s’apprend rarement pendant les études, tout au moins jusqu’au BTS.

2. Le laboratoire spécialisé 

Autre option : confier la souche à un prestataire externe, capable de la conserver et de la restituer sous différents formats, dès que le besoin s’en fait sentir. 

À quel rythme renouveler le stock ? 

Tout dépend du mode de conservation choisi. 

  • Souchier interne : on peut s’aligner sur la cadence déjà en place pour les souches ATCC/NCTC. Le risque ? Que la souche maison ne se comporte pas exactement de la même façon. 
  • Prestataire externe : la fréquence se définit en collaboration avec le laboratoire, selon les besoins réels de l’industriel. Cela offre plus de maîtrise et de flexibilité, grâce à l’expertise du prestataire. 

Et pour changer de souche ? 

Les flores évoluent, notamment avec la mise à jour des procédés de nettoyage et de désinfection. Un suivi rigoureux des identifications permet de repérer le bon moment pour basculer vers un nouveau panel de souches personnalisées. Et à chaque changement, un rapport de suivi documente et justifie l’évolution constatée. 

Le plus Alliance Bio Expertise 

Face à ces enjeux, Alliance Bio Expertise accompagne les laboratoires dans l’intégration et le maintien de leurs isolats environnementaux. Après isolation du contaminant, nous le contrôlons et vous le restituons à la concentration de votre choix. 

Vous avez une question sur les souches personnalisées ? Notre équipe de microbiologistes se tient à votre écoute :

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